近年来，湄洲岛将推进旅游厕所建设与管理作为旅游景区服务中的一个重要环节，切实抓紧、抓实、抓好，努力推进“旅游厕所革命”。目前，景区内旅游厕所已达43座，共有14个第三卫生间，基本实现全岛旅游厕所“全域覆盖、数量充足、使用免费”。主要做法如下：
一、坚持因地制宜，重在与山海景观相融合。湄洲岛旅游厕所严格按照国家《旅游厕所质量等级的划分与评定》的标准和要求建设。在严格按照规范标准的前提下，融入红砖厝、坡屋顶建筑风格，与妈祖文化、海岛风貌相融合，厕所外观、色彩、造型设计与周边环境和建筑相协调，设有鲜明的标识和指引牌，做到“标志统一、指示清晰、通俗易懂”。景区内及景区道路沿线公厕，设计精致、取材环保，保护周边环境，并与景区的山水风光融为一体，成为当地一道亮丽的风景线。
二、坚持绿色节能，重在与生态环境相协调。湄洲岛牢固树立“绿水青山就是金山银山”理念，把“节水、节能、环保、生态”作为新建、改扩建旅游厕所的重要技术指标，在旅游厕所上配置总装机容量为6100Wp的光伏能源设备，平均每天发电约20千瓦时，相当于每年节约标准煤7.3吨，减少二氧化碳排放19.74吨，在解决公厕白天用电的同时产生良好的环保效益。所有旅游厕所污水通过三格化粪池净化后，全部接入污水管网排往污水处理厂或小型污水处理设施进行集中处理。
三、坚持常态长效，重在与精细管理相适应。“公厕建得好，更要管理好”。湄洲岛从小处着眼，从实处着手，建立“公厕长—管理员—保洁员”三级管理机制及公厕运营管理、检查维护、考核监管、监督奖惩等长效机制，明确旅游厕所保洁标准、保洁范围、冲洗次数和时间节点。此外，湄洲岛旅游管理部门、城管办经常不定时组织相关部门人员对旅游厕所管理情况进行检查通报，并建立公厕指数测评机制，严格监督考核，测评结果向社会公布。在旅游高峰与节假日期间，景区会做好应急准备工作，采用增加环卫工人和清扫工具的数量、加强动态跟踪清理、对游客进行排队疏导、及时调用移动式临时公厕等措施，确保为游客提供整洁卫生的如厕环境。同时，加强对文明如厕、卫生防病等知识宣传教育，引导群众养成良好的卫生习惯，形成“人人参与厕所革命，共建共享优美环境”的浓厚氛围。